Декартовые координаты
Задача координат в декартовой форме устанавливается значением COORD=UNIQUE в группе $CONTRL
(установлено по умолчанию).
Координаты вводятся следующим образом:
H 1.0 1.0000000000 0.0000000000 -1.0000000000
Где слева направо:
Имя атома (может быть любым, но не длиннее 10 символов).
Заряд ядра атома (именно по нему GAMESS (US) распознаёт сорт атома).
Абсцисса (координата \(X\)).
Ордината (координата \(Y\)).
Аппликата (координата \(Z\)).
Следующий атом записывается со следующей строки.
Данный формат ввода координат поддерживает все группы симметрии, поэтому при вводе координат нужно ограничиваться вводом только симметрично-уникальных атомов, то есть тех атомов, с помощью которых операциями симметрии, характерными для выбранной группы симметрии, можно восстановить всю частицу.
Например, полную запись координат гексафторида серы:
$DATA
coordinates example
С1
S 16 0.000 0.000 0.000
F 9 1.546 0.000 0.000
F 9 0.000 1.546 0.000
F 9 0.000 0.000 1.546
F 9 -1.546 0.000 0.000
F 9 0.000 -1.546 0.000
F 9 0.000 0.000 -1.546
$END
Можно сильно сократить до:
$DATA
coordinates example
OH
S 16 0.000 0.000 0.000
F 9 1.546 0.000 0.000
$END
Такое сокращение существенно уменьшает требуемые вычислительные ресурсы.
Важно
Для COORD=UNIQUE существует возможность ввода ввода базисного набора
непосредственно после строки координат каждого атома. Кроме того, возможно задавать базисные наборы в виде отдельных групп.
При выборе значения COORD=PRINAXIS (или синонимичного COORD=CART) координаты атомов вводятся в декартовой форме
(стиль ввода аналогичен таковому при COORD=UNIQUE для группы симметрии \(C_{1}\)). После этого автоматически
определяется, какие атомы являются симметрично-уникальными, и устанавливается группа симметрии.
Внимание
У значения COORD=PRINAXIS отсутствуют преимущества ввода базисного набора,
как у значения COORD=UNIQUE.